微量元素对作物的重要性之前已经阐述过，那么是什么原因造成微肥的缺乏呢？主要有以下几个方面：
1.      不同土壤可给性微量元素不同
易缺硼的土壤：一般干旱地区含硼量较高，湿润地区含硼量较低，因此，我国南方红壤含硼量常处于较低水平，而北方地区分布最广的黄土以及长江中下游地区的下蜀黄土含硼量中等。易缺钼的土壤：石灰岩和黄土母质发育而成的灰性土壤，黄河冲击物淤积而成的黄泛平原及花岗岩发育而成的酸性土壤。易缺锰的土壤石灰性土壤，尤其是质地轻、有机质少、通透性良好的石灰性土壤，如石灰岩和黄土母质发育的普通褐土，以及黄河冲积物发育的潮土。易缺铁的土壤主要分布在我国北方，包括各种石灰性土壤以及盐碱土。
2.      由于高产品种的应用而产生微量元素缺乏
吉林等省推广玉米高产良种，因而普遍出现“花白蕾”等缺锌症。湖北等省1960年代末应用甘兰型高产油菜品种取代本地白菜型油菜品种时，部分地区出现“花而不实”的油菜缺硼症。
随着科学技术的发展，各种高产新品种不断问世，这些高产作物，从土壤中吸收微量元素成比例增加，若土壤中的微量元素无法满足高产作物对微量元素的需要，高产作物品种施用再多的大量元素肥料，也无法达到高产目的。
3.      由于耕作制度的改革而出现的缺乏

为了使有限的土地生产更多的粮食，我国多数地区实行了耕作制度的改革。如大面积发展双季稻，则出现水稻“白叶倒苗”等缺锌症，试用锌肥增产效果明显。我国北方一般不缺锌，但近30年由于发展水稻，缺锌问题也比较普遍。北京市郊大面积施用锌肥都取得良好的增产效果。

复种指数的增加，有效地提高了农产品的产量，但由于同一种植物所需的敏感元素的大量消耗，造成某一地区的某些微量元素奇缺。如硼为油菜的敏感元素，但如果连续几年在同一块地里都种油菜，会因硼的供应不足而减产，如果及时补充，则可稳产高产。不同的农作物所需的敏感元素不同，科学的安排轮作也是防止微量元素奇缺的有效手段。
4.      施肥方法不当，直接影响微量元素的吸收
平衡施肥是使各种必需元素发挥最佳增产状态的科学施肥方法，某种营养元素在土壤中有效量过高或施用量过多，即可造成严重的流失或毒害，如磷酸过多可诱发水稻缺锌，缺铜。硫过多可减少植物对铜的吸收，钾过量会加重棉花对硼肥的需要。只有根据不同的农作物，不同的土壤，科学施肥，才可达到经济有效的补充微量元素的目的。
5.      农作物生长环境条件对微量元素的影响
作物生长离不开它所在的生长环境，而不同的生长条件都直接影响作物对营养元素的吸收和利用，加重或诱发微量元素的缺乏。例如低温可限制作物根系生长，减少锌、铁、锰的吸收；光照强度大，可减少硼和铜的吸收，气候和土壤干早可减少锰、铜、翩的吸收。
6.      必须营养元素的拮抗作用

土壤中富含磷或大量施用磷肥，往往会导致或加重农作物缺锌现象，而磷与镁之间又存在相互促进作用，两种元素同时施用的效果，大于分别施用的效果。同样的，氮肥的量多就会影响钾肥的吸收，此时植株只进行营养生长，不进行生殖生长，所结出果实停止生长。当钾肥过多时就会拮抗硼、镁、钙的吸收。因此，为了提高肥料的效率，单一化肥的用量应减少，含多种元素的复合肥应增加多。